Eftersom varuhandel kräver transporter diskuteras ofta handelns påverkan på växthuseffekten. Men handeln har även andra miljöeffekter som kan vara både positiva och negativa. Det kan ofta vara svårt att slå fast de exakta orsakssambanden. Eftersom handel är en av flera viktiga faktorer för att skapa förutsättningar för ekonomisk tillväxt kan det vara svårt att skilja effekter orsakade av just handel från effekter av en allmänt ökad ekonomisk aktivitet. Exempel på effekter av ökad tillväxt är ökade utsläpp men också ökade resurser att rena utsläppen.

Handel och miljö hör till de så kallade nya frågorna inom WTO, och inom dessa områden finns inga bindande regler. I ministerdeklarationen från världshandelsmötet i Doha 2001 nämns miljön för första gången uttryckligen. Förhållandet mellan WTO:s regler och handelsrelaterade regler i internationella miljökonventioner ska klargöras i förhandlingar. Pågående förhandlingar om att minska fiskesubventioner och liberalisering av handeln med miljövaror och miljötjänster har dock ännu inte resulterat i konkreta uppgörelser inom miljöområdet

Förutom i WTO behandlas sambanden mellan handel och miljö även i OECD, UNCTAD och UNEP (FN:s miljöprogram). Se Miljö för länkar till andra miljörelaterade handelstermer.