EU har slutit ett stort antal bilaterala avtal om upprättanden av frihandelsområden i enlighet med WTO:s regler. Utöver varuhandel inkluderar avtalen ofta tjänstehandel och andra handelsrelaterade områden såsom till exempel investeringar, immaterialrätt, konkurrensregler och offentlig upphandling.

De avtal som hittills ingåtts har haft olika syften. Flera av dem har slutits med länder i närområdet. EES-avtalet är det mest avancerade avtalet. Det är ett fördjupat frihandelsavtal som utsträcker den inre marknadens fyra friheter till Island, Norge och Liechtenstein. Ett liknande avtal finns också med Schweiz.

Stabiliserings- och associeringsavtal med Balkanländerna knyter dessa stater närmare till EU-samarbetet. EU har också slutit associeringsavtal med ett tiotal länder runt Medelhavet. Europa-Medelhavsavtalen är en del av den så kallade Barcelonaprocessen och ska utgöra stommen för ett stort planerat frihandelsområde runt Medelhavet. EU har även en tullunion med Turkiet.

Andra av EU:s frihandelsavtal har till stor del motiverats av att avtalsparten ska utvecklas ekonomiskt, men där även EU förväntas få tillgång till en viktig växande marknad. Hit hör avtalen med Mexico, Chile och Sydafrika. Till denna kategori kan också räknas EU:s ännu oavslutade förhandlingar med GCC-länderna i Mellanöstern samt Mercosur i Sydamerika.

Under Doharundans första år valde EU att avstå från att inleda nya förhandlingar om frihandelsavtal, men 2006 lanserade EU en ny politisk strategi (se Global Europe) för att främja den externa dimensionen av EU:s konkurrenskraft. I strategin ingår nya frihandelsavtal som en viktig komponent. EU:s delvis nya hållning är att valet av avtalspart främst ska grundas på det europeiska näringslivets kommersiella intressen. Sådana förhandlingar pågår för närvarande med Indien och Kanada (se CETA). Ett avtal med Sydkorea kunde träda ikraft provisoriskt 1 juli 2011.