Cotonouavtalet var ett avtal om samarbete mellan EU och AVS-länderna som undertecknades i Benins huvudstad Cotonou i juni år 2000. Avtalet ersatte Lomékonventionen och var giltigt fram till 2020. De särskilda preferenserna för AVS i handelsdelen av Cotonouavtalet stred dock mot WTO:s regelverk, eftersom de innebar att andra utvecklingsländer diskriminerades. EU beviljades 2001 ett undantag (waiver) för preferenserna under Cotonouavtalet av WTO. Detta undantag löpte ut i slutet av 2007 och då upphörde även preferenserna i Cotonouavtalet. De länder som inte har avslutat förhandlingarna om Ekonomiska Partnerskapsavtal exporterar nu till EU under GSP-eller EBA-villkoren. Se även GSP, EBA, AGOA.

Cotonouavtalet grundades på tre pelare: bistånd, handel och politiskt samarbete. Fattigdomsbekämpning var det övergripande målet för samarbetet tillsammans med AVS-ländernas gradvisa integration i världsekonomin och säkerställandet av en hållbar utveckling.

Handelsdelen i Cotonouavtalet innebar att AVS-länderna under en övergångsperiod fick behålla de särskilda och ensidiga preferenser som EU utsträckt sedan tidigare. Samtidigt kom man i avtalet överens om att förhandla fram så kallade Ekonomiska Partnerskapsavtal, som senast vid utgången av 2007 skulle ersätta den gamla handelsordningen.