I WTO:s jordbruksavtal klassificeras jordbruksstöden efter hur handelsstörande de är. Begreppet box används för de olika kategorierna av jordbruksstöd. Jordbruksavtalet innehåller regler för tre olika kategorierna av stöd. Syftet med reglerna är att minska användningen av handelsstörande stöd och ge handlingsutrymme för medlemmarna att använda sådana stöd inte stör handeln alls eller bara minimalt. Kategorierna - boxarna - betecknas med olika färger med inspiration från trafikljus

Den gula boxen (amber box) omfattar handelsstörande stöd som har en stark koppling till produktionens storlek, det vill säga stödet blir större ju mer jordbrukaren producerar. De gula stöden skulle enligt åtagandena i Uruguayrundan reduceras med 20 procent i de utvecklade länderna och med 13 procent i de utvecklingsländer som använde denna typ av stöd. Därefter gäller ett tak för de gula stöden för varje medlemsland som inte får överskridas. Detta gäller även länder som anslutit sig till WTO efter Uruguayrundan. Den totala nivån på de gula stöden beräknas med stödmåttet AMS. Handelsstörande stöd av mindre omfattning – så kallade de minimis-stöd – behöver inte räknas in i detta stödmått och får alltså användas trots de begränsningar som gäller i övrigt för handelsstörande stöd. Den gröna boxen omfattar stöd som anses vara minimalt handelsstörande och som därför är tillåtna utan beloppsbegränsningar. De grundläggande kriterierna för gröna stöd är att dessa inte har någon eller endast minimal effekt på handeln, att stöden ges inom ramen för ett offentligt finansierat statligt program samt att stöden inte får ha effekten av ett prisstöd. Därutöver gäller specifika kriterier för olika kategorier av gröna stöd. Exempel på olika typer av gröna stöd är frikopplade inkomststöd, miljörelaterade stöd, inhemskt livsmedelsbistånd, stöd till forskning, infrastruktur och utbildning samt stöd som betalas ut som kompensation vid naturkatastrofer.

Den blå boxen innehåller vissa specifika kategorier av direktstöd som ingår i produktionsbegränsningsprogram. Stödens storlek ska alltså vara kopplade till historiska uppgifter (areal, avkastning, antal djur) och inte till storleken på en jordbrukares nuvarande produktion. De blå stöden var undantagna från reduktionskrav och omfattas inte heller av beloppsbegränsningar i avtalet.

Jordbruksavtalet kan även sägas innehålla en "S&D-box" (särskild och differentierad behandling) som omfattar de handelspåverkande stöd som är undantagna från begränsningar i utvecklingsländerna. Exempel på undantagna stöd är generella investeringsstöd till jordbruket samt subventionerade insatsvaror för jordbrukare med låga inkomster.

WTO:s medlemsländer ska regelbundet rapportera (notifiera) sina jordbruksstöd till WTO så att övriga medlemsländer har möjlighet att granska om åtagandena i Jordbruksavtalet efterlevs.

Sedan 2001 pågår, som en del av Doharundan, förhandlingar om ett nytt jordbruksavtal med bland annat ytterligare reduktionskrav för de handelsstörande stöden.

Se även AMS (Aggregate Measurement of Support), De minimis-stöd, Frikopplade inkomststöd, Marknadsprisstöd, OTDS.