Gränsskattejusteringar är en form av gränsjusteringsåtgärd och existerar i flera olika former. Det vanligaste är att handlade varor är föremål för det importerande landets skatter och undantagna från skatter från det exporterande landet. Exempelvis är bensin som fraktas från ett land (exportören) undantaget exportlandets skatter men påläggs i stället den skatt som gäller i importlandet. Skatter på import kan tas ut enligt WTO-regelverket förutsatt att grundläggande principer om icke-diskriminering och nationell behandling är uppfyllda och således är likvärdiga för inhemska och importerade produkter.

Gränsskattejusteringar på export är inte förbjudna enligt ASCM-avtalet, förutsatt att skatten är relaterad till skatter på insatsvaror som är fysiskt inarbetade i slutprodukten. Men gränsskattejusteringar på icke-fysiskt inkorporerade insatsvaror som energi är ett problematiskt område och ifrågasatt om det är förenligt med WTO-regelverket.